膜系統(tǒng)設(shè)計的最大影響因素是原水的潛在污染趨勢，原水中存在的顆粒和膠體會引起膜元件的污堵，并隨著進水的逐漸濃縮而累積在反滲透膜表面，預(yù)處理后的產(chǎn)水其淤積密度指數(shù)（SDI,又稱污堵指數(shù)）與水中上述殘留污堵物質(zhì)的含量有相當(dāng)好的對應(yīng)關(guān)系，膜表面這些污堵物的濃度與膜系統(tǒng)的通量和回收率成正比，通量設(shè)計得越高的系統(tǒng)，將會出現(xiàn)更快速的污堵并需要更頻繁的化學(xué)清洗措施。

設(shè)計膜系統(tǒng)時應(yīng)該保證系統(tǒng)內(nèi)每支膜元件都在推薦的運行范圍內(nèi)，以便減少污堵，杜絕膜元件的機械損壞，膜元件的運行條件范圍包括：膜元件的最高回收率、最大通量、最小濃水流量和最高進水流量，原水潛在污染越高，就應(yīng)該越嚴格執(zhí)行上述運行參數(shù)。

整個膜元件平均通量與系統(tǒng)內(nèi)膜元件的總有效膜面積有關(guān)，是設(shè)計的特征參數(shù)，便于設(shè)計者快速的估算出某一新系統(tǒng)所需膜元件的數(shù)量，原水水質(zhì)好可以采用較高的設(shè)計通量而原水水質(zhì)差則應(yīng)該采用較低的設(shè)計通量，當(dāng)然，即使是在同一類的水質(zhì)條件下，關(guān)注重點在初期投資的話，可以選擇較高的設(shè)計通量值，而關(guān)注長期運行成本的話，應(yīng)該盡量選擇較低的設(shè)計通量值，設(shè)計導(dǎo)則中所列的通量值及其范圍，是絕大多數(shù)系統(tǒng)設(shè)計時所選的典型取值，但并不代表不能超過該范圍。

這些設(shè)計導(dǎo)則中的建議參數(shù)是基于設(shè)計考慮周全、運行管理良好、每年進行4次化學(xué)清洗且為連續(xù)運行模式這樣的假設(shè)，如果超過所建議的參數(shù)極限將會產(chǎn)生更頻繁的化學(xué)清洗，產(chǎn)水量會快速下降，進水壓力會增加，膜的壽命會縮短，進而增加系統(tǒng)的故障率和運行成本。只要最大壓差和最高壓力不超過極限，短時間內(nèi)稍微超極限一點運行是可以接受的，反之， 較高的估計發(fā)生污堵的可能性，即選擇了保守的設(shè)計方式，就會獲得長久無故障運行和更長膜壽命的效果。系統(tǒng)設(shè)計者應(yīng)根據(jù)項目特點進行設(shè)計優(yōu)化，在設(shè)計之前必須充分收集原水水質(zhì)分析報告等系統(tǒng)設(shè)計資料，資料越齊全，系統(tǒng)的設(shè)計就越有針 對性，也就越能滿足用戶的需要。